1、产品介绍:
背景:
分子层面上有两大类生物标志物,一类是DNA标志物,一类则是RNA——多基因表达情况的组合,RNA Signature,源自于基因表达谱的研究。
基因表达谱Gene Expression Profiling, GEP:代表细胞或组织基因表达情况(包括特定基因是否表达、表达丰度、不同组织、不同发育阶段以及不同生理状态下的表达差异)。通过一次性测定大量基因构建起细胞功能的总体态势图,可以从图谱中区分出正在分裂的细胞,以及细胞对于特征性治疗的反应。基因表达谱还有助于了解疾病的发病机制、药物的生理反应和治疗效果。
而RNA Signature是一种特定的GEP组合,通常是在科学研究或临床实验中发现的,是某一类细胞或组织中具有独特表达模式的单基因或多基因集合,通常与细胞或组织的生理过程以及病变状态相关。RNA Signatures常用于疾病诊断、分型、疗效预测或预后预测。显示出了生物标志物的特性。
服务内容:
RNA检测(by nCounter)以及相关信息分析
检测平台:nCOUNTER SPRINT
Nanostring nCounter Sprint为800多个目标基因表达的检测提供了一种高效的自动化解决方案,且具备良好的准确度、精密度。
检测技术优势:
√ qPCR的准确性
√ RNA-Seq的通量
√操作便捷性
√ 样本友好-FFPE、新鲜样本
√ 精密度极高:批间差、室间差小
√无逆转录和PCR带来的系统性偏差
√看家基因:归一化分析
性能
检测技术路线:液相杂交技术
实验工作流程
分析内容
a. Fastq数据质控
b. 数据比对质控
c. mRNA表达定量分析
d. mRNA表达聚类分析
e. 样本间相关性分析
f. mRNA差异表达分析
g. 差异表达基因功能富集分析
h. 免疫相关Signature分析
i. 免疫微环境分析
j. 肿瘤炎症特征分析
k. 可变剪接分析
l. SNV/InDel分析
m. 融合基因分析
应用领域
肿瘤免疫领域举例:
样本类型/要求
服务类型
RNA Signature价值举例
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